Articles LLMエージェントのタンパク質設計における苦手分野とは
LLMエージェントはタンパク質設計ツールを適切に選択できる一方、生成した候補を十分に比較・評価せず設計を終了する傾向があり、その「評価の浅さ」が性能向上の大きな課題であることをBioDesignBenchが明らかにしています。
2026-08
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Articles TreeGazer：進化の樹を活用して、より情報量の多いタンパク質配列選択を実現する新しい枠組み
系統樹という生物学的な事前知識を活用し、限られた実験回数でも効率よくタンパク質の配列-機能空間を探索する新しいベイズ最適化フレームワーク「TreeGazer」を紹介します！
Articles 抗体の進化が明かす「エントレンチメント」について
抗体重鎖可変領域（IGHV）遺伝子間に存在するアミノ酸の違いが、「エントレンチメント（entrenchment）」と呼ばれる相互拘束の状態になっているかを調べた研究です！
Articles AIはタンパク質の「揺らぎ」をどこまで予測できるのか？主要な構造アンサンブル予測ツールを比較した研究
タンパク質の複数の構造状態（構造アンサンブル）を予測するAIツールであるBioEmu、AFSample2、ESMFlowの性能を比較した研究を紹介します！
Articles ProtAff：タンパク質の「結合の強さ」を配列だけから予測するLoRAチューニング版ESM-2モデル
タンパク質配列だけから結合親和性をランキングする新モデル「ProtAff」を紹介します！
Articles ESMFold2を使って10〜20分でナノボディを設計する ― EasyNanoが目指すエピトープ標的CDRデザイン
ESMFold2の距離分布予測を利用して特定エピトープに結合するナノボディCDRを約10〜20分で設計する、高速な計算抗体設計手法「EasyNano」を紹介します！
Articles 拡散モデルはタンパク質相互作用の「エネルギー」を学習しているのか？― DFMDockから学習エネルギーを取り出す試み
拡散モデルが内部で学習している「確率」をエネルギーとして読み出し、タンパク質ドッキング評価へ活用できる可能性を示した興味深い研究です！
Articles AgentPLM：タンパク質言語モデルを「エージェント化」して設計中に構造評価を取り込む新しいタンパク質デザイン手法
タンパク質言語モデルが設計途中で構造予測や安定性評価ツールを利用できるようにした新しいエージェント型タンパク質設計手法 AgentPLM を紹介します！
Articles 抗体は成熟すると硬くなるのか？― 抗原タンパク質には剛直化、糖鎖には柔軟化という新しい法則
抗体成熟では一律な剛直化が起こるのではなく、タンパク質認識部位は硬くなり、糖鎖認識部位は柔軟になるという新しいダイナミクス原理を示した研究です。
Articles 大規模抗体言語モデル「AbLingua」による構造を意識した抗体表現学習 ― 抗体工学のための新たな基盤モデル
4億件の抗体配列で学習した大規模抗体言語モデル「AbLingua」を解説します。独自のトリペプチド表現とスケーリング戦略によって、パラトープ予測、中和能予測、抗体設計など幅広い抗体工学タスクへの応用可能性を示した研究です！