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【ペプチドデザイン】特定のTCRに結合するMHCペプチドをデザインする手法 HERMES とは

T細胞受容体(TCR)がどのようなペプチドを認識できるかを構造ベースの機械学習モデル HERMES を用いて予測し、新規免疫原性ペプチドをデザインする方法を紹介します!
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【タンパク質デザイン】pLM を DPO で条件付けする方法

タンパク質言語モデル (pLMs) に強化学習 (RL) を組み合わせることで、従来の限界を突破し、狙った性質を持つタンパク質配列を効率的に設計する手法 DPO_pLM を紹介します!
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【タンパク質デザイン】部分潜在表現を活用した全原子生成モデル La-Proteina とは

部分潜在表現を活用した全原子生成モデル La-Proteina を紹介します!
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【タンパク質デザイン】Hallucination でバインダーを設計する BindCraft とは

タンパク質バインダー設計パイプライン BindCraft について紹介します!
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【タンパク質デザイン】マルチモーダルモデルで、多状態遷移する機能タンパク質を設計

大規模データで学習した拡散 Transformer により、配列と構造を同時生成し、機能条件を満たす多状態タンパク質まで設計できる ProDiT を紹介します!
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【抗体デザイン】FW変異による安定性改善手法を紹介

抗体の安定性や機能を CDR(相補性決定領域)ではなくフレームワーク領域(FW) に着目して合理的に改変する方法を紹介します!
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【バインダーデザイン】true binder を選抜する最適な評価指標を探索

デノボタンパク質バインダー設計における「どの設計が実験的に成功するかを予測する指標」を大規模に解析した研究を紹介します!
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【抗体デザイン】反復的にCDR配列を最適化する抗体設計パイプライン NanoDesigner とは

ナノボディのデノボデザインにおいて、従来の dock and optimize アプローチにEMアルゴリズムを適用し設計と構造予測を反復することで、設計の成功確度を高めた設計パイプライン NanoDesignerを紹介します!
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【タンパク質デザイン】拡散モデル・ハルシネーション型両方のタンパク質設計が可能なパイプライン PXDesign について

エンドツーエンドのタンパク質バインダー設計パイプライン、PXDesign を紹介します!
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【活性予測】ディスプレイライブラリの配列データからKDを予測するモデル ProBound とは

高スループットシーケンスデータからタンパク質–リガンド(特に転写因子とDNA)結合の親和性を、物理的に解釈可能な形で推定する新しい機械学習フレームワーク「ProBound」を紹介します!