論文タイトル
CycleDesigner: Leveraging RFdiffusion and HighFold to Design Cyclic Peptide Binders for Specific Targets
出典
CycleDesigner: Leveraging RFdiffusion and HighFold to Design Cyclic Peptide Binders for Specific Targets
Cyclic peptides are potentially therapeutic in clinical applications, due to their great stability and activity. Yet, designing and identifying potential cyclic...
www.biorxiv.org
要旨
RFDiffusion を利用した環状ペプチド設計手法を紹介した論文です。
解説など
本論文では、RFDiffusion のモデルチューニングを行うことなく環状ペプチドを設計する手法を紹介しています。具体的には、入力情報の positional encoding を修正して RFDiffusion に供することで、環状ペプチドが設計できるように修正しています。
配列設計は ProteinMPNN、構造予測は HighFold という環状ペプチドの構造予測が得意なモデルを利用しています。最後に Rosetta energy analyzer (dGseparated/dSASA×100) を活用して相互作用する分子をスクリーニングしています。各指標のスクリーニング基準を以下に示します。
- iPAE < 0.35
- ipTM > 0.5
- pLDDT > 80
- RMSD to input backbone < 3.5
- dGseparated/dSASA×100< −1.5
23 抗原に対してバインダーデザインを試みたところ、計 2,875 のデザイン中、上記の基準を満たしたデザインは、74 個存在したそうです。ウェットのデータはなく、この指標のみでデザインの妥当性を評価しています。
本文では、diffuser のタイムステップの重要性を指摘しています。既存の RFDiffusion では α ヘリカルなフォールドが優先して出力されてしまうので、環状ペプチドデザインにタイムステップをむやみに増やすのは逆効果で、25 あたりがちょうど良いとのことでした。
