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【Diff-Switch】拡散モデル×メタダイナミクスで手作業なしのタンパク質スイッチ設計へ

閉じた状態の構造を1つ渡すだけで、開いた状態のバックボーンを拡散モデルが自動で探し出す——Diff-Switchは、これまで手作業に頼っていたタンパク質スイッチのバックボーンアンサンブル構築を自動化します!
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【Vilya-2】非天然ペプチド医薬の構造予測でco-folding勢を圧倒する全原子拡散トランスフォーマー

全原子拡散トランスフォーマーVilya-2が、非天然アミノ酸・マクロサイクルを含むペプチド医薬の構造予測(Riptidesベンチマーク)でBoltz-2を大差で上回るSOTA精度を達成しています!
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【ABOPD】拡散モデルに”自分の癖”を教え込む、抗体CDR-H3デザインの後処理学習

抗体のCDR(相補性決定領域)、特に最も柔軟で難しいCDR-H3をデザインする拡散モデルに対して、生成済みモデルをさらに鍛える「後処理学習」の手法ABOPDを紹介します!
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拡散モデルはタンパク質相互作用の「エネルギー」を学習しているのか?― DFMDockから学習エネルギーを取り出す試み

拡散モデルが内部で学習している「確率」をエネルギーとして読み出し、タンパク質ドッキング評価へ活用できる可能性を示した興味深い研究です!
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【ペプチドバインダーデザイン】拡散モデルを活用した多目的最適なペプチドバインダーの設計手法 PepTune とは

ペプチドバインダーのデノボデザイン手法 PepTune を紹介します!
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【抗体デザイン】AbDiffuser:拡散モデルでHER2抗体の配列を再設計

APMixer というアーキテクチャを利用した抗体のリデザイン手法について紹介します!
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【タンパク質デザイン】配列と構造を同時に生成できるタンパク質デザイン用の拡散モデル ProteinGeneratorについて

拡散モデルを利用したタンパク質生成モデルである ProteinGenerator を紹介します!
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【タンパク質デザイン】拡散モデルで望みの2次構造をもつタンパク質をデザインする方法

拡散モデルを利用して、望みの2次構造の構成を示すタンパク質を生成する手法について紹介します。
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【拡散モデル】ベンチャー企業からも拡散モデルを用いたタンパク質デザイン手法が発表!その名は”Chroma”

拡散モデルを用いたタンパク質デザイン手法、Chromaを提案した論文を紹介します。
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【抗体デザイン】拡散モデルを使って、抗原結合抗体をデノボデザイン

拡散モデルを用いた抗体のデザイン手法を提案している論文です。