protein language model

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1本のタンパク質に合わせてAIをその場で調整する――ProteinTTTが切り開く「個別最適化」型タンパク質AI

タンパク質言語モデルを「1本のタンパク質」に対して推論時に自己教師あり適応させることで、構造予測や変異効果予測の精度を改善する新しい個別最適化アプローチ、ProteinTTTについて解説します!
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Masked Language Modelをどう使いこなすか?抗体設計におけるサンプリング戦略の重要性

抗体設計において「モデルよりサンプリングが重要」という視点を提示した、実践的かつ示唆に富む研究を紹介します!
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マルチモーダルPLMを進化させた「EiRA」:ユニバーサルな生体分子結合タンパク質設計への挑戦

生体分子に結合するタンパク質を汎用的に設計するために、マルチモーダルタンパク質言語モデルを拡張したEiRAを提案しています!
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【抗体デザイン】Sparse Autoencoder (SAE) を利用して抗体 LLM の理解を深める

抗体言語モデル(p-IgGen)の内部表現を Sparse Autoencoder(SAE)で分解することで、「解釈できる特徴」と「生成を実際に制御できる特徴」は別物であることを示した論文を紹介します!
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【抗体デザイン】抗体特化のPLMは、その他のモデルと何が違うのか

Protein Language Model(PLM)の「アーキテクチャや事前学習の違い」が、抗体特異的な生物学的特徴(CDR、V遺伝子、SHMなど)をどのようなバイアスとして学習させているのか?という問いに答える検証結果を紹介します!
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【タンパク質デザイン】pLM を DPO で条件付けする方法

タンパク質言語モデル (pLMs) に強化学習 (RL) を組み合わせることで、従来の限界を突破し、狙った性質を持つタンパク質配列を効率的に設計する手法 DPO_pLM を紹介します!