Articles 【バインダーデザイン】MDシミュレーションで生成した訓練データを活用してMonobodyをデザイン
深層生成モデルを利用して、Monobody型のバインダーをデザインする手法"Sculptor"を紹介します。
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Articles Articles 【遺伝子オントロジー】配列からタンパク質の機能を説明する文書生成技術を紹介！
タンパク質の配列情報から、その機能を説明するテキストを生成する、深層学習モデルについて紹介します。
Articles 【グラフニューラルネットワーク】タンパク質構造をグラフ表現するためのPythonモジュールGrapheinについて
生物学的なデータを機械学習に供するためのグラフ表現を、柔軟かつ簡便におこなうためのPythonライブラリ、Grapheinを紹介した論文です。
Articles 【抗体】新しい深層生成モデルでH3配列をサンプリング
multi-segment preserving samplingという深層生成モデルを提案して、抗体のH3デザインに応用した論文です。
Articles 【AlphaFold】バインダーデザインの精度を向上させるAF2とProteinMPNNの役割
AF2やProteinMPNNを使うことで、バインダーのデザイン精度を向上させることができることを実証しています。
Articles 【BERT】SAR2-CoV-2 binderを深層学習で予測！AlphaSeqデータを用いたモデル学習
SAR2-CoV-2 binderを予測する深層学習モデルについて紹介します。
Articles 【抗体デザイン】BERTとGNNを組み合わせた抗体のデザイン手法、AbBERT-HMPNとは
BERTとHMPNを接続して抗体のH3をデザインする手法、AbBERT-HMPNを紹介した論文を紹介します。
Articles 【Pre-taining Language Model】抗体の事前学習言語モデルを総括！
抗体に特化した既知の自然言語事前学習モデル（Pre-trained Antibody Language Models, PALM) についてベンチマークし、一般的なタンパク質を訓練データとする事前学習モデル (Pre-trained Protein Language Models, PPLM) との違いについて考察した論文を紹介します。
Articles 【抗体デザイン】抗原に結合するH3をデノボでデザインできる手法が深層学習でついに誕生！
CDRの配列と３次元構造を同時に生成できるモデルMEANを紹介します。
Articles 【Rosetta】モチーフグラフティングの決定版、Rosetta FunFolDesとは
非連続な複数のセグメントモチーフをスキャフォールドに移植できる手法FunFolDesについて解説します。