Articles ML設計ミニプロテインを加速する ― mRNAディスプレイと酵母ディスプレイの正面比較
機械学習で設計した数千のミニプロテインをmRNAディスプレイと酵母ディスプレイで比較し、両者の特性と選択バイアスを明らかにした研究です！
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Articles AlphaFold 3を超える？IsoDDEが切り拓く次世代AI創薬エンジン
構造予測・親和性予測・ポケット同定を統合した、次世代AI創薬エンジンIsoDDEを紹介します！
Articles 抗体–抗原インターフェースに着目したADC活性予測モデル「ABFormer」の実力
抗体–抗原結合インターフェースを文脈的に埋め込み表現へと変換する Transformer ベースのモデル「ABFormer」を提案し、抗体薬物複合体（ADC）の活性予測精度を向上させています！
Articles GPT-5駆動・自律型クラウドラボが実証したCFPSコスト40%削減
GPT-5と自動化クラウドラボを統合した自律型実験系が、無細胞タンパク質合成の特異コストを40%削減しつつ生産量を向上させた実証研究です！
Articles AlphaFoldを“ドッキングモデル”に変える：Flow Matchingで進化したAF2Dockとは
AlphaFold-MultimerをFlow Matchingで生成モデル化し、構造ベースドッキングへ転用したAF2Dockの設計思想と性能評価を解説します！
Articles 配列と構造を同時に最適化するとはどういうことか？―安定なde novoタンパク質設計に向けた「joint optimization」の考え方
配列と構造を同時に最適化することで、より安定なde novoタンパク質設計が可能になることを、大規模実験データで示した研究の解説記事です！
Articles AlphaFold3を組み込んだ高スループット抗体探索パイプライン
酵母ディスプレイとAlphaFold3を統合することで、複数標的に結合するVHH抗体を効率よく見つけ出す新しい抗体探索パイプラインを解説します！
Articles 全原子レベルでとらえる抗体言語モデルで抗体を最適化する
全原子相互作用モデリングと抗体言語モデルを組み合わせ、抗体予測から最適化までを一貫して行う InterAb / InterAb-Opt を解説しました。
Articles Surf2Spot：構造がなくても使える、表面情報ベースの結合ホットスポット予測モデル
タンパク質の単量体構造から相互作用ホットスポットを予測する深層学習モデル「Surf2Spot」を紹介します！
Articles フローマッチングと in silico 成熟化で切り拓く高親和性タンパク質バインダー設計
本研究は、フローマッチングに基づく生成モデルと計算機内親和性成熟を組み合わせることで、実験を行わずに高親和性タンパク質バインダーを設計する手法を紹介します！