論文タイトル
The Damietta Server: a comprehensive protein design toolkit
出典
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academic.oup.com
要旨
タンパク質デザイン用途のウェブブラウザアプリ Damietta Server を紹介した論文です。
解説など
タンパク質デザインツールとしては、珍しいブラウザアプリの紹介です。
筆者らが紹介する Damietta Server では、PDBファイルの読み込みから始まり、以下のタスクを実行することが可能です。
- Side chain repacking
- Single-point mutagenesis
- Combinatorial sampler
- Symmetric design
- Long minimization
読み込まれた構造は、各用途の解析前に、タンパク質由来以外の原子は取り除かれ、水素や欠失した側鎖原子は補完されます。Damiettaに実装されたエネルギー関数は、既知のロータマーライブラリーから計算する方式で計算コストが低く、高速に出力が可能です。変異体の許容確率 は ProteinMPNN に基づいて算出されるとのことです。
本ツールは、GUI でタンパク質デザインをしてみたい人にはお勧めできます。アプリが長期間運用されるか心配ですが、ダウンロードページが存在するので、ローカルで起動することも可能かもしれません。
ブラウザアプリはこちらから。
Damietta protein design toolkit
damietta.de
