Articles 【Vilya-2】非天然ペプチド医薬の構造予測でco-folding勢を圧倒する全原子拡散トランスフォーマー
全原子拡散トランスフォーマーVilya-2が、非天然アミノ酸・マクロサイクルを含むペプチド医薬の構造予測（Riptidesベンチマーク）でBoltz-2を大差で上回るSOTA精度を達成しています！
structure prediction
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Articles Vilya-1とは？多様なマクロサイクルを原子レベルで扱う構造予測・設計モデル
マクロサイクルの立体構造を生成し、膜透過性などの物性予測や新規分子設計にも利用できる深層学習モデル「Vilya-1」を紹介します！
Articles OpenDDE：オープンソースで最先端の共折りたたみを目指す創薬AI基盤モデル
生体分子複合体の構造予測を中核としたオープンソースAI基盤モデル「OpenDDE」を紹介します！
Articles AIはタンパク質の「揺らぎ」をどこまで予測できるのか？主要な構造アンサンブル予測ツールを比較した研究
タンパク質の複数の構造状態（構造アンサンブル）を予測するAIツールであるBioEmu、AFSample2、ESMFlowの性能を比較した研究を紹介します！
Articles 言語モデルがタンパク質生物学の「世界モデル」を実現 ― ESMC・ESMFold2による構造予測・分子設計・生物学マッピング
28億配列で学習した大規模タンパク質言語モデルを基盤として、構造予測・抗体設計・タンパク質設計・68億配列規模の生物学マッピングを統合的に実現した研究を紹介します！
Articles AF3-TurboAbとは？ 抗体レパトアを“構造ごと”高速解読し、抗体設計を大規模化する新しい基盤技術
AlphaFold3を抗体レパトア全体へ拡張し、大規模かつ高速な構造予測を通じてエピトープ地図作成や実用的な抗体設計を加速する基盤技術 AF3-TruboAb について紹介します！
Articles 抗体–抗原構造予測の信頼性を検証した大規模ベンチマーク
ナノボディ–抗原複合体の大規模ベンチマークを構築し、AlphaFold3などの最新モデルの信頼度スコアが実際の結合特異性と相関するかを検証した論文を解説します！
Articles ナノボディ構造予測における「HCDR3ブループリント」と「非カノニカルジスルフィド結合」の重要性
HCDR3の配置様式と非カノニカルジスルフィド結合に着目し、ナノボディ構造予測の「離散的制約」を明示的に組み込んだ軽量モデルNbForgeを解説します！
Articles 【タンパク質構造予測】モデルの性能を評価するためのベンチマーク FoldBench と各モデルの性能比較結果
all-atom 構造予測モデルを、公平かつ低ホモロジー条件で横断評価するベンチマーク「FoldBench」 と、ベンチマーク結果について紹介します！
Articles 【構造予測】フォールドスイッチタンパク質のデザイン
AlphaFold2（AF2）を使ってタンパク質の異なる構造状態（とくにフォールドスイッチ）を予測し、それを安定化させるための変異を設計する手法を紹介します！