structure prediction

Articles

抗体–抗原構造予測の信頼性を検証した大規模ベンチマーク

ナノボディ–抗原複合体の大規模ベンチマークを構築し、AlphaFold3などの最新モデルの信頼度スコアが実際の結合特異性と相関するかを検証した論文を解説します!
Articles

ナノボディ構造予測における「HCDR3ブループリント」と「非カノニカルジスルフィド結合」の重要性

HCDR3の配置様式と非カノニカルジスルフィド結合に着目し、ナノボディ構造予測の「離散的制約」を明示的に組み込んだ軽量モデルNbForgeを解説します!
Articles

【タンパク質構造予測】モデルの性能を評価するためのベンチマーク FoldBench と各モデルの性能比較結果

all-atom 構造予測モデルを、公平かつ低ホモロジー条件で横断評価するベンチマーク「FoldBench」 と、ベンチマーク結果について紹介します!
Articles

【構造予測】フォールドスイッチタンパク質のデザイン

AlphaFold2(AF2)を使ってタンパク質の異なる構造状態(とくにフォールドスイッチ)を予測し、それを安定化させるための変異を設計する手法を紹介します!
Articles

【抗体デザイン】CDR3の構造柔軟性を予測できる ITsFlexible を紹介!

抗体の CDR3 の構造柔軟性を予測する手法 ITsFlexible を紹介します!